মুসলিম সাম্রাজ্যের পতনের পর ইংরেজ শাসন আমলে মসজিদটি প্রাকৃতিক দুর্যোগে মাটির নীচে চাপা পড়ে। মসজিদ এলাকায় লোকবসতি না থাকায় বনজঙ্গল আচ্ছন্ন হয়ে মসজিদটি ঢাকা পড়ে। গত ৬০ দশকের প্রথম দিকে গাইবান্ধা মহকুমা প্রশাসক হক্কানী কুতুবউদ্দিন নামে এক ধর্মপ্রাণ ব্যক্তি এসডিও হিসাবে দায়িত্ব পাওয়ার পর স্থানীয় লোকদের কাছে শাহী মসজিদটির ইতিকথা শোনেন। লোকজনের কথা শুনে তিনি স্থানীয় জনগণের সহযোগিতায় মসজিদটি অনুসন্ধান করতে থাকেন। কিন্তু মসজিদটির জায়গায় বিশাল বটবৃক্ষ গজিয়ে ওঠায় মসজিদটি বটবৃক্ষের আড়ালে ঢাকা পড়ে গিয়েছিল। হঠাৎ একদিন প্রচন্ড এক ঝড়ে বটবৃক্ষটি ভেঙ্গে পড়লে স্থানীয় লোকজন মসজিদটি দেখতে পায়। সেই থেকে মানুষ মসজিদটিকে গায়েবী মসজিদ হিসাবে অবহিত করে। জামালপুর গায়েবী মসজিদের সামনে একটি বিশাল আকারের দীঘিও দৃশ্যমান হয়ে ওঠে। কথিত আছে আজ হতে সাতশত বছর পূর্বে এ এলাকায় খিরোধর (গঞ্জিও) নামে এক অত্যাচারী হিন্দু রাজা ছিলেন। তিনি ছিলেন তিনটি স্টেটের মালিক। সেই খিরোধর রাজার পাইক-পেয়াদা ছিল অনেক। রাজার পাইক-পেয়াদারা প্রজাদের উপর অমানবিক নির্যাতন চালাত। পক্ষান্তরে প্রজারা রাজার নির্যাতন নিরবে সহ্য করত। লোকমুখে কথিত আছে, এমনি সময় সিলেটের কামেল ব্যক্তি হযরত শাহজালাল চৌধুরী (রা:) স্বপরিবারে এ এলাকায় আগমন করেন বলে । সেই থেকে মসজিদটির নামকরন হয় শাহজালাল শাহী মসজিদ এবং ইউনিয়নের নামকরন জামালপুর হয় বলে জনশ্রুতি আছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস